Vers 1300, construction d'une chapelle; ses fondations ont été reconnues en 1962 par l'architecte Jacques Béguin, au cours des travaux de rénovation du temple.La première mention de Cernies (orthographe de l'époque) apparaît dans un acte de vente de droit de dîme (droit de percevoir l'impôt). Cet acte de 1324 nous apprend aussi que Cernier est une paroisse dépendante de celle d'Engollon.
Au Moyen-Âge, il ne se passe rien d'extraordinaire à Cernier, si ce n'est de classiques disputes entre les habitants, le clergé et les villages voisins (notamment un certain nombre de conflits avec Fontaines et Chézard quant aux limites territoriales !). Entre 1350 et 1650, la peste sévit par intermittence.
Entre 1350 et 1500, le temple est agrandit et, en 1515, la première chapelle est démolie et le choeur est construit, tel qu'il se présente encore à ce jour. A cette époque, la paroisse de Cernier s'étend du Grand-Chézard à Fontainemelon et est une dépendance de celle de Fontaines.
En 1530, la Réforme est prêchée à Cernier par Jean de Belly, curé de Fontaines et de Cernier et, le 15 août, par Guillaume Farel.
Dès 1561, l'histoire de Cernier commence à être écrite par ses habitants. C'est de cette année-là que date le plus ancien volume des procès-verbaux de l'Assemblée des communiers. L'assemblée gère aussi bien les affaires civiles que religieuses. Durant plus d'un siècle les séances sont rares. Elles se tiennent au temple ou sur le lieu du problème dans les champs et la forêt.
Le XVIIème siècle est marqué par l'engagement du premier instituteur, en 1649, pour instruire les enfants et les adultes. En 1688, la communauté de Cernier est autorisée à acquérir un bâtiment pour y tenir l'école et les assemblées.
Au XVIIIème siècle, les habitants doivent faire face à des ours et des loups. De plus, des afflux de réfugiés mettent en péril la sécurité des paysans et conduit à la mise en place de "chasse aux gueux" dans les années 1740. En 1750 est fondée la chambre de charité. Dès cette époque, des horlogers viennent s'établir à Cernier.
En 1873 s'ouvre une imprimerie éditant Le Réveil , organe des Radicaux du Val-de-Ruz et du Vignoble.
En 1875, Cernier demande par pétition à devenir chef-lieu du Val-de-Ruz, à la place de Fontaines. Comme le village voisin ne désire pas entrer en matière, le dossier est transmis au Conseil d'Etat pour rapport. Ce dernier est présenté au Grand Conseil le 21 novembre 1877, puis est renvoyé à une commission de sept membres. Cette dernière arrive à la conclusion que Cernier se trouve dans une meilleure situation financière que Fontaines, et le Grand Conseil fait de Cernier le chef-lieu du district.
Le 12 octobre 1885 est inaugurée l'école d'agriculture. Cette école est principalement née des efforts de Frédéric Soguel, au travers d'une motion acceptée le 13 mai 1883 par le Grand Conseil. Après seulement une année de fonctionnement, et au vu du succès remportée par l'école, elle devient l'Ecole cantonale d'agiculture, par décret du Grand Conseil du 19 novembre 1886. Cette école fermera ses portes dans la dernière décennie du XXème siècle, pour laisser la place au Site de Cernier ainsi qu'à l'Ecole Cantonale de Métiers de la Terre et de la Nature.
En 1897, la fabrique de meuble Jules Perrnoud et Cie (fondée en 1867) devient une société anonyme. Elle se développe très rapidement et devient la plus grande industrie de la région. De nos jours, elle n'existe plus...
